O CDS-ISIS é um programa aberto, não acabado; seu manuseio exige tempo e empenho a fim de evitar a recorrente subutilização de seus recursos. Alem disso, para ampliar seus recursos, inúmeros aplicativos tem sido desenvolvidos.(...) A entrada de dados requer uma rotina de verificação e correção sujeita a erros que aumentam o custo do processo como um todo. O fato do Microisis não permitir o uso simultâneo de mais de uma base de dados acarreta, por exemplo uma dificuldade na alimentação automática de dados normalizados. Vários aplicativos tem sido criados com o objetivo de minimizar este problema.